Entendemos la agroecología como un modelo endógeno y un enfoque estratégico importante del Programa País, que se define desde las tres dimensiones planteadas por CIDSE: como un enfoque de investigación científica que implica el estudio holístico de los agro-ecosistemas y sistemas alimentarios, un conjunto de principios y prácticas que mejora la resiliencia y perdurabilidad de los sistemas alimentarios y agrícolas, mientras conserva la integridad social y un movimiento sociopolítico, que se centra en la aplicación práctica de la agroecología, busca nuevas formas de considerar la agricultura, la transformación, distribución y consumo alimenticios, y sus relaciones con la sociedad y la naturaleza.
El marco de agroecología que se utilizará de referencia en el PP serán las 4 dimensiones y 24 principios de Agroecología de CIDSE. Los pueblos indígenas con los que el PP trabaja conciben a la agroecología como una forma de vida, no sólo una propuesta de mejorar tecnologías de producción, se basan en los principios ecológicos de preservación de la vida del suelo, reciclaje de nutrientes, la gestión dinámica de la biodiversidad y la conservación de la energía en todas las escalas. La Organizaciones Coparte consideran importante visibilizar y agregar la espiritualidad como una cuarta dimensión de la agroecología que está presente en todas las prácticas de conservación, producción y consumo de alimentos en los pueblos mayas.